Hercules City Council
May 26, 2026

i

Hercules Complex Project, Hercules, California
Biological Assessment Report

Prepared for
Hercules Hotel Development Group
1369 Murchison Drive
Millbrae, California 94030

Prepared by

Michael Marangio
Ground Zone Environmental
1361 B Street
Hayward, Ca 94541
January 27, 2020

i

TABLE OF CONTENTS
EX-1   EXECUTIVE SUMMARY ................................................................................... III

1.0  INTRODUCTION ........................................................................................................ - 1 -

1.1  Methods ............................................................................................................. - 1 -

1.2  Existing Environment ...................................................................................... - 2 -

2.0  BIOLOGICAL ASSESSMENT ....................................................................................... - 4 -

2.1  Plant Communities............................................................................................ - 4 -

2.2  Wildlife Habitat ................................................................................................. - 5 -

2.3  Biological Issues ................................................................................................ - 6 -

2.3.1  FEDERAL LAWS AND REGULATIONS  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 6 ‐

2.3.1.1   Special‐Status Species  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 6 ‐

2.3.1.2   Migratory Bird Treaty Act and Bald and Golden Eagle Protection Act ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 6 ‐

2.3.1.3   Clean Water Act Section 404 and 401 ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 6 ‐

2.3.2  STATE LAWS AND REGULATIONS ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 7 ‐

2.3.2.1   California Endangered Species Act ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 7 ‐

2.3.2.2  The Natural Community Conservation Planning Act ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 7 ‐

2.3.2.3  Fully Protected Species & Species of Special Concern ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 7 ‐

2.3.2.4  California Environmental Quality Act.  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 8 ‐

2.3.2.5  California Fish and Game Code Sections 3503 & 3513 ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 8 ‐

2.3.2.6  California Native Plant Protection Act ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 9 ‐

2.3.2.7  California Native Plant Society ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 9 ‐

2.3.2.7  Porter‐Cologne Water Quality Control Act  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 9 ‐

2.3.2.8  California Fish and Game Code Section 1600  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 10 ‐

2.3.2.9  Sensitive Vegetation Communities  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 10 ‐

2.4  Local Policies And Ordinances ...................................................................... - 11 -

2.5  Tree Removal Ordinance No. 33 ................................................................... - 11 -

2.6  Critical Habitat ............................................................................................... - 11 -

3.0  POTENTIAL SPECIAL STATUS SPECIES AND OTHER BIOLOGICALLY SENSITIVE RESOURCES ........................................................................................................................ - 12 -

3.1  Potential Species of Concern for the Project ................................................ - 12 -

3.1.1  CALIFORNIA RED‐LEGGED FROG ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 12 ‐

3.1.2  WESTERN POND TURTLE ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 13 ‐

3.1.3  ALAMEDA WHIPSNAKE  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 14 ‐

3.1.4  SAN FRANCISCO DUSKY‐FOOTED WOODRAT  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ ‐ 15 ‐

3.1.5  WESTERN BURROWING OWL ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 15 ‐

3.1.6  WHITE‐TAILED KITE  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 16 ‐

3.1.7  YELLOW WARBLER  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 16 ‐

3.1.8  COOPER'S HAWK  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 16 ‐

3.1.9  NORTHERN HARRIER  ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 16 ‐

3.1.10  BIRDS UNDER THE MIGRATORY BIRD TREATY ACT AND CALIFORNIA FISH AND GAME CODE ‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 17 ‐

3.1.11  SPECIAL STATUS PLANTS ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  ‐ 17 ‐

4.0  SENSITIVE HABITATS............................................................................................. - 18 -

5.0   CONCLUSIONS AND RECOMMENDATIONS .............................................................. - 18 -

6.0  SUMMARY OF SENSITIVE SPECIES ISSUES ............................................................ - 19 -

7.0  REFERENCES ........................................................................................................... - 29 -

ii

8.0  QUALIFICATIONS OF THE AUTHOR ........................................................................ - 32 - Figure
Figure 1 ‐ Site Location
Figure 2 – Proposed Project
Figure 3 – Project Site Vegetation Map

iii

EX‐1   EXECUTIVE SUMMARY
This report presents the results of a reconnaissance‐level habitat study for special‐status wildlife, plant species, and protected habi tats for the 6.25‐acre propert y located at the intersection of Interstate Highway 80 and State Highway 4 in  Hercules, Californ ia.  This report is intended to provide  background  and  site‐speci fic  information  pertaining  to  biological  resources  and  to identify potential constraints to future development of the sit e. Included is a discussion of the existing plant communities, wildlife associations, potentially‐ occurring special‐status plant and wildlife  species,  natural  communi ties,  and  recommended  general  mitigation  measures  for potential impacts.

The  study  area  plant  community  is  a  mixture  of  upland  coyote  brush  scrub,  native  grassland, willow riparian woodland, and emergent wetland, with disturbed  portions of annual grassland containing non‐native grassland and ruderal areas disturbed by grading and stockpiling of soil.

The project site is isolated within numerous roadways and indus trial development.  The willow riparian  and  emergent  wetlands  on  the  site  contain  wetlands  und er  state  and/or  federal jurisdiction.

A total of 24 special‐status plant species were considered to have at least some potential to occur in the project region (on the basis of inclusion on federal or  state lists or California Native Plant Society lists). Ten potential grassland plants were the focus of surveys during field studies.  None were observed. Because of the marginal suitability of the site due to historic ground disturbance and presence of many invasive non‐native plant species over mos t of the site, no special status plant species would be expected to be present.

A total of 36 special‐status animal species are known to occur  within the vicinity of the project site (primarily found on state and federal lists of special status animal species). Of these, several protected bird species potentially nest in trees on the site. The California red‐legged frog is known to  inhabit  the  aquatic  (and  adjacent  associated  upland  habitats) .  S a n  F r a n c i s c o  d u s k y ‐ f o o t e d woodrat, and Western pond turtle are additional protected species that have a moderate to high potential to be present.  The remaining special status animal species are considered to have low potential to occur on site.

Future development of the site may warrant additional biological studies and, depending on the nature of the proposed development, may require permits from re gulatory agencies as well as mitigation. Specific regulated biological resources present, or potentially present on site include California red‐legged frog, San Francisco dusky‐footed woodrat,  Western pond turtle, Cooper's Hawk, and other raptors or migratory bird nesting sites.

iv

Approximately  50  percent  of  the  site  will  remain  undeveloped,  providing  a  buffer  between  a stream and associated wetlands, reducing potential impacts to biological resources. However, it is  anticipated  that  coordination  with  federal  and  state  agencies  will  be  necessary  to  ensure protection to special status species and sensitive wetlands habitats.

- 1 -

1.0 Introduction
This  report  presents  the  results  from  several  reconnaissance‐level  habitat  surveys  for  special‐ status  wildlife  and  plant  species  within  the  6.25‐acre  property  located  at  the  intersection  of Interstate Highway 80 and State Highway 4 in Hercules, Californ ia. (See location map, Figure 1).

This  report  is  intended  to  provi de  background  and  site‐specific   information  pertaining  to biological resources and to identify potential biological constraints to future development of the site. Included is a discussion of the existing plant communities, wildlife associations, potentially‐ occurring  special‐status  plant  and  wildlife  species,  natural  communities,  and  recommended avoidance  and  mitigation  measures.  The  need  for  further  studies,  if  necessary,  will  also  be discussed. The report will help guide potential development of the site and will be useful for any potential CEQA or other state and federal required permits.

The present evaluation was prepared using information gathered from observations made during several site visits, from the California Natural Diversity Data  Base maintained by the California Department of Fish and Game, and environmental reports from nearby projects.

1.1 Methods

The findings for this biological assessment report are based on  the following: 1) a print‐out of special status plant and animal species for the Hercules, Mare Island, and Richmond  7.5 minute quadrangles from the California Natural Diversity Database, 2)  assessment of habitat types and surrounding land use by reviewing recent aerial photographs (Go ogleMaps aerial from 9/2012), and, 3) reconnaissance‐level surveys.

General habitat surveys were conducted by biologist Michael Marangio on May 3, 7, 27, June 19, and July 16, 2014, Dec 16, 2019, and January 9, 2020. Site surv eys were intended primarily as reconnaissance‐level site visits to identify vegetation types a nd to assess the potential for the presence of special‐status species within the study area. Surveys were conducted on foot during daylight  hours;  the  perimeter  of  the  study  area,  and  all  distin ct  habitats  were  visited  and described, and the site was searc hed for any potential drainage s or wetlands. Dominant plant species for each plant community and all wildlife species obser ved were recorded.  A wetland delineation  (Jones  2020)  was  conduc ted  on  potential  wetland  are as  on  the  project  site.

Information  on  special‐status  plant  species  was  compiled  through  a  review  of  the  California Natural Diversity Data Base and the California Native Plant Society's Electronic Inventory of Rare and Endangered Vascular Plants of California (Skinner and Pavlik 2004).  Information on special‐ status animal species was compiled through a review of the CNDD B records and CDFG’s  Special Animals (CDFW 2011).

- 2 -

N o m e n c l a t u r e  f o r  c o m m o n ,  w i d e s p read  plants  and  animals  conforms  to  Hickman  (1993)  and Zeiner, et al. (1988‐1990), respectively. Plant community names conform to H olland (1986) and Sawyer and Keeler‐Wolf (1995); wetland community names from Cowardin, et al. (1979) are also used where appropriate.

1.2 Existing Environment

General
The study area is located in the City of Hercules along the eas t side of Interstate Highway 80 (I‐ 80), to the south of Hwy 4, within a loop ramp to westbound Wil low Avenue.  The highway was constructed between 1950‐1958. Review of historic aerial photographs indicate that the property has been used for soil stockpiling (Papineau 2014). The site co vers a total of 6.25 acres, 2 acres of which are included in easements. The topography includes a range of slopes and flatter areas, and has a low‐elevation area to the east that supports marshlands and riparian habitat including tree cover, standing water, and flowing waters of the north bra nch of Refugio Creek (see Figure 1).

The  proposed  project  will  involve  developing  a  6  Story  Office  building, a  100  Unit  Hotel and associated parking as shown in Figure 2.

Figure 1. Project location at Intersection of Hwy 4 and I‐80 The Site

- 3 -

Figure 2 – Proposed Project

- 4 -

Figure 3. Project Site Vegetation Map

2.0 Biological Assessment

2.1 Plant Communities
The  project  site  includes  a  mosaic  of  several  vegetation  communities,  including  Non‐native Annual Grassland, Native Perennial Grassland, Willow Riparian W oodland, Emergent Wetland, and coyote brush scrub (See Figure 3).

Non‐native  Annual  Grassland.  As  a  result  of  disturbance  and  undocumented  soil  deposition activities  on  the  site,  much  of  the  vegetative  cover  (observed December  16,  2019)  contained areas  of  non‐native  annual  grassland  with  species  including  ripgut  brome  (Bromus  diandrus), wild‐oat  (Avena  fatua),  annual  fescue  ( Vulpia  myuros)   i n t e r g r a d i n g  w i t h  d i s t u r b e d  a r e a s , dominated by other introduced weedy forbs such as black mustard  (Brassica nigra), wild radish (Raphanus  sativus),  and  perennial  pepperweed  (Lepidium  latifolium).  During  observations  on December 16, 2019, these grasslands were seen to have been graded and seeded with what was assumed to be erosion control grass seed mix.

- 5 -

N a t i v e  G r a s s l a n d .   P o r t i o n s  o f  t h e  s i t e  h a v e  v e g e t a t i v e  c o v e r  almost  exclusively  consisting  of native  creeping  wild‐rye  ( Leymus  triticoides),  a  rhizomatous  species  that  spreads  through expansion of the plants by its spreading roots.  On the project site, in most areas where wild‐rye was seen growing, there were no other plant species observed.  Native creeping wild‐rye usually grows under moist soil conditions, and appeared to be located preferentially on the cooler north facing slopes of the site.

Coyote  brush  scrub.  Coyote  brush scrub  habitat  was  dominated  by  Coyote  brush      (Baccharis pilularis) with scattered Poison Oak (Rhus diversiloba).  Since that time, most of the Coyote Brush habitat  had  been  scraped    clear  of  vegetation  and  planted  with a n  e r o s i o n  c o n t r o l  s e e d  m i x (Figure 2).

Willow riparian woodland. The north fork of Refugio Creek flows  through the northern portion of the site from a culvert at the southeast portion of the site , exiting through a culvert that is p i p e d  t o  d r a i n  b e n e a t h  I ‐ 8 0  t o  the  northwest.  The  stream  channel  supports  a  willow  riparian plant  community  dominated  by  large  willow  trees,  patches  of  mulefat  (Baccharis   viminea), stinging  nettle  ( Urtica  dioica),  watercress  ( Nasturtium  officinale),  poison  hemlock  ( Conium maculatum)  and  teasel  ( Dipsacus  fullonum ) .   W h e r e  d e e p e r  p o o l s  w e r e  p r e s e n t  d u r i n g observations in 2014, much of the water surface was covered in  small floating plants including duckweed (Lemna sp.) and water fern (Azolla sp).

Emergent wetland. Within the eastern portion of the site, adjac ent to Refugio Creek, elevations are low, forming  a basin that includes open water(during years  of higher rainfall) grading into emergent  wetlands  dominated  by  cat‐tail  (Typha.  sp.).    Much  of  the  emergent  wetlands  are becoming  overrun  with  the  invasiv e  non‐native  plant  perennial  p epperweed  ( Lepidium latifolium).

2.2 Wildlife Habitat
Habitat conditions are good for a variety of wildlife species i n the annual grassland and ruderal areas.  Tunnels of Botta pocket gopher ( Thomomys bottae) were observed, with other rodents such as California vole (Microtus californicus), house mouse (Mus musculus), and harvest mouse (Reithrodontomys megalotis) to be expected.  Amphibians and reptiles that would be expect ed include  terrestrial  garter  snake  ( Thamnophis  elegans ),  and  gopher  snake  ( Pituophis melanoleucus).  Several western fence lizards ( Sceloporus occidentalis) as well as a brush rabbit (Sylvilagus bachmani) were observed in the drier g rassland habitats in 2014. Bird s pecies that were  observed  include  Turkey  vulture  ( Cathartes  aura),  Mallard  ( Anas  platyrhynchos)  and

- 6 -

Mourning  Dove  ( Zenaida  macroura ) .   R e d ‐ w i n g e d  B l a c k b i r d s  (Agelaius  phoeniceus )  were observed to be nesting in emergent marshland habitat in 2019.

2.3 Biological Issues

Sensitive  biological  resources  a re  protected  under  a  number  of  federal,  state,  and  local regulations.  An overview of the current regulatory framework is as follows.

2.3.1 Federal Laws and Regulations

2.3.1.1 Special-Status Species
The Federal Endangered Species Act (FESA) of 1973 prohibits fed eral agencies from authorizing, permitting, or funding any action that would jeopardize the con tinued existence of a plant or animal species listed or a candidate for listing as Threatened or Endangered under the FESA.  If a federal agency is involved with a proposed action or project th at may adversely affect a listed plant or animal, that agency must enter into consultation with  the U.S. Fish and Wildlife Service (USFWS) under Section 7(a)(2) of the FESA. In addition, if ther e is a federal nexus to the project of an individual or agency, they may also enter into consultation through the federal agency with whom there is a connection, such as for a permit. In this case, an Army Corps of Engineers (ACOE) permit may be necessary, providing a link to this federal agency.

2.3.1.2 Migratory Bird Treaty Act and Bald and Golden Eagle Protection Act The Migratory Bird Treaty Act (MBTA) of 1918 (16 U.S.C. 703‐711 ) makes it unlawful to possess, buy, sell, purchase, barter or, “take” any migratory bird liste d in Title 50 of the Code of Federal Regulations Part 10.  “Take” is defined as possession or destruction of migratory birds, their nests, or eggs.  Disturbances that causes nest abandonment and/or loss  of reproductive effort or the loss of habitats upon which these birds depend would be in violation of the MBTA.

2.3.1.3 Clean Water Act Section 404 and 401
The U.S. Army Corps of Engineers (Corps) and the U.S. Environme ntal Protection Agency (EPA) regulate  the  discharge  of  dredged  or  fill  material  into  waters of  the  United  States,  including wetlands, under Section 404 of the Clean Water Act (CWA) (33 U.S.C. 1344).  Waters of the United States are defined in Title 33 CFR Part 328.3(a) and include a range of wet environments such as lakes, rivers, streams (including intermittent streams), mudfla ts, sand flats, wetlands, sloughs, prairie potholes, wet meadows, playa lakes, or natural ponds.   The extent of waters of the U.S., is generally defined as that por tion which falls within the lim its of "ordinary high water." Field indicators  of  ordinary  high  water  include  clear  and  natural  line s  o n  o p p o s i t e  s i d e s  o f  s t r e a m banks, scouring, sedimentary deposits, drift lines, wracks, exposed roots, shelving, destruction of terrestrial vegetation, and the  presence of litter and debris.  Wetlands, including swamps, bogs, seasonal  wetlands,  seeps,  marshes,  and  similar  areas  are  defined  by  the  U.S.  Army  Corps  of

- 7 -

Engineers  as  "those  areas  that  are  inundated  or  saturated  by  surface  or  ground  water  at  a frequency and duration sufficient to support, and that under no rmal circumstances do support, a prevalence of vegetation typically adapted for life in saturated soil conditions (33 CFR328.3 [b]; 40CFR 230.3 [t].

Section 401 of the Clean Water A ct (33 U.S.C. 1341) requires an y applicant for a federal license or permit to conduct any activity that may result in a discharg e of a pollutant into waters of the United States to obtain a certification from the state, in this case from the Regional Water Quality Control Board. This agency has authority over all state wetlands, including isolated wetlands not covered under federal jurisdiction.

2.3.2 State Laws and Regulations

2.3.2.1 California Endangered Species Act
The State of California has enacted similar laws to the FESA, including the California Native Plant Protection Act (NPPA) of 1977, and the California Endangered Sp ecies Act (CESA) of 1984.  The CESA expanded upon the original NPPA and enhanced legal protect ion for plants, but the NPPA remains part of the California Fish and Game Code.  To align wi th the FESA, CESA created the categories of “threatened” and “e ndangered” species.  The State  converted all animal species listed as “rare” under the FESA into the CESA as threatened spe cies, but did not do so for rare p l a n t s .   T h u s ,  t h e s e  l a w s  p r o v i d e  t h e  l e g a l  f r a m e w o r k  f o r  p r o t ection  of  California‐listed  rare, threatened, and endangered plant and animal species.  CDFG impl ements NPPA and CESA, and its Wildlife and Habitat Data Analysis Branch maintains the California Natural Diversity Database ( C N D D B ) ,  a  c o m p u t e r i z e d  i n v e n t o r y  o f  i n f o r m a t i o n  o n  t h e  g e n e r a l  location  and  status  of California’s rarest plants, animals, and natural communities.   During the CEQA review process, CDFG is given the opportunity to comment on the potential of th e Proposed Project to affect listed plants and animals.

2.3.2.2 The Natural Community Conservation Planning Act The Natural Community Conservation Planning (NCCP) Act of 1991  represents an effort by the State  of  California,  and  numerous  private  and  public  partners, t o  b r o a d e n  i t s  o r i e n t a t i o n  a n d objectives  beyond  those  of  the  CESA  and  FESA.    The  primary  objec t i v e  o f  t h e  N C C P  A c t  i s  t o conserve natural communities at the ecosystem scale while accommodating compatible land use.

There are no NCCPs that cover the Project area.

2.3.2.3 Fully Protected Species & Species of Special Concern The classification of “fully protected” was CDFW’s initial effort to identify and provide additional protection to those animals that were rare or faced possible ex tinction.  Lists were created for fish,  amphibian  and  reptiles,  birds,  and  mammals.    Most  of  the species  on  these  lists  have subsequently been listed under CESA and/or FESA.  The Fish and  Game  Code  s ecti ons  (fis h at

- 8 -

Section 5515, amphibian and rept iles at Section 5050, birds at  Section 3511, and mammals at Section 4700) dealing with “fully protected” species states that these species “…may not be taken or possessed at any time and no provision of this code or any o ther law shall be construed to authorize the issuance of permits or licenses to take any fully  protected species,” although take may be authorized for necessary scientific research.  This lang uage makes the “fully protected” designation the strongest and most restrictive regarding the “take” of these species.  In 2003, the code sections dealing with fully protected species were amended to allow CDFG to authorize take resulting from recovery activities for State‐listed species.

Species of Special Concern (SSC) are broadly defined as animals not listed under the FESA or CESA, but which are nonetheless of concern to CDFW because they are d eclining at a rate that could result in listing or historically occurred in low numbers and k nown threats to their persistence currently exist.  This designation is intended to result in spe cial consideration for these animals by CDFW, land managers, consulting biologists, and others, and is intended to focus attention on the species to help avert the need for costly listing under FES A and CESA and recovery efforts that might ultimately be required.  Although these species generally have no special legal status, they are given special consideration under CEQA during project review.

2.3.2.4 California Environmental Quality Act.

The California Environmental Quality Act (CEQA) applies to “pro jects” that are proposed to be undertaken  or  those  requiring  approval  by  State  and  local  government  agencies.  Projects  are defined  actions  that  have  the  potential  to  have  physical  impact  on  the  environment.  Under S e c t i o n  1 5 3 8 0  o f  C E Q A ,  a  s p e c i e s  n o t  i n c l u d e d  o n  a n y  f o r m a l  l i st  “shall  nevertheless  be considered rare or endangered if the species can be shown by a local agency to meet the criteria” for listing. With sufficient documentation, a species could be shown to meet the definition of rare or endangered under CEQA and be considered a “de facto” endangered species. Development of the  subject  site  will  in  addition  require  evaluation  of  all    environmental  impacts  that  could potentially result from construction.

2.3.2.5 California Fish and Game Code Sections 3503 & 3513 According to Section 3503 of the California Fish and Game Code,  it is unlawful to take, possess, or needlessly destroy the nest or eggs of any bird (except Engl ish sparrows (Passer domesticus), domestic  pigeon  (Columba  livia) ,  a n d  E u r o p e a n  s t a r l i n g s  (Sturnus  vulgaris)).    Section  3503.5 specifically protects birds in the orders Falconiformes and Str igiformes (birds‐of‐prey).  Section 3513 essentially overlaps with the MBTA, prohibiting the take o r possession of any migratory, non‐game bird.  Disturbance that causes nest abandonment and/or loss of reproductive effort is considered “take” by CDFW.

- 9 -

2.3.2.6 California Native Plant Protection Act
The Native Plant Protection Act (NPPA) of 1977 gave the Califor nia Fish and Game Commission the power to designate native plants as "endangered" or "rare" and  protects endangered and rare plants from take.

2.3.2.7 California Native Plant Society
The  California  Native  Plant  Society  (CNPS)  publishes  and  maintai n s  a n  I n v e n t o r y  o f  R a r e  a n d Endangered Vascular Plants of California in both hard copy and electronic version. The Inventory assigns plants to the following categories:
1A  Plants Presumed Extinct in California
1B  Plants rare, threatened, or endangered in California and els ewhere 2  Plants rare, threatened, or endangered in California but more  common elsewhere 3  Plants about which information is needed‐a review list 4  Plants of limited distribution‐a watch list
Impacts to plants on lists 1 and 2 are typically assumed to mee t the threshold of significance for CEQA.  The CNPS considers it to be mandatory that these species are fully considered during the preparation of environmental documentation relating to CEQA.  Therefore, this report considers plants listed as 1 and 2 as special‐status species.  Very few list 3 and 4 plants meet the definitions of  Section  1901  Chapter  10  Native  Plant  Protection  Act  or  Sections  2062  and  2067  California Endangered Species Act of the CDFG Code and are eligible for St ate listing.  However, the CNPS strongly  recommends  that  these  sp ecies  be  fully  considered  duri ng  the  preparation  of environmental documentation relating to CEQA.

2.3.2.7 Porter-Cologne Water Quality Control Act
Waters of the State are defined by the Porter‐Cologne Act as “any surface water or groundwater, including saline waters, within the boundaries of the state.”  The Regional Water Quality Control Board  (RWQCB)  protects  all  waters  in  its  regulatory  scope,  but has  special  responsibility  for isolated wetlands and headwaters.  These water bodies have high resource value, are vulnerable to filling, and may not be regulated by other programs, such as Section 404 of the CWA.  Waters of the State are regulated by the RWQCB under the State Water Q uality Certification Program, which regulates discharges of dredged and fill material under  Section 401 of the CWA and the Porter‐C ol o gne Wate r Quality Con trol A ct.   Pr oje cts that r equire a Corps permit, or fall under other federal jurisdiction, and have the potential to impact wa ters of the State are required to comply with the terms of the Water Quality Certification Progra m.  If a Proposed Project does not require a federal license or permit, but does involve activ ities that may result in a discharge

- 10 -

o f  h a r m f u l  s u b s t a n c e s  t o  W a t e r s  o f  t h e  S t a t e ,  t h e  R W Q C B  h a s  t h e  option  to  regulate  such activities under its State authority in the form of Waste Discharge Requirements or Certification of Waste Discharge Requirements.

2.3.2.8 California Fish and Game Code Section 1600
Streams, lakes, and riparian vegetation as habitat for fish and  other wildlife species, are subject to jurisdiction by the CDFG under Sections 1600‐1616 of the California Fish and Game Code.  Any activity that will do one or more of the following: 1) substant ially obstruct or divert the natural flow of a river, stream, or lake; 2) substantially change or use any material from the bed, channel, or bank of a river, stream, or lake; or 3) deposit or dispose o f debris, waste, or other material containing crumbled, flaked, or ground pavement where it can pass into a river, stream, or lake; generally require a 1602 Lake a nd Streambed Alteration Agreement.  The term “stream,” which includes creeks and rivers, is defined in the California Code o f Regulations (CCR) as follows: “a body of water that flows at least periodically or intermittentl y through a bed or channel having banks  and  supports  fish  or  other  aquatic  life.    This  includes  watercourses  having  a  surface  or subsurface flow that supports or has supported riparian vegetat ion” (14 CCR 1.72).  In addition, the  term  stream  can  include  ephemeral  streams,  dry  washes,  watercourses  with  subsurface flows, canals, aqueducts, irrigation ditches, and other means of water conveyance if they support aquatic life, riparian vegetation, or stream‐dependent terrestrial wildlife.  Riparian is defined as, “on,  or  pertaining  to,  the  banks  of  a  stream;”  therefore,  riparian  vegetation  is  defined  as, “vegetation,  which  occurs  in  and/or  adjacent  to  a  stream  and  is  dependent  on,  and  occurs because of, the stream itself.”  Removal of riparian vegetation also requires a Section 1602 Lake a n d  S t r e a m b e d  A l t e r a t i o n  A g r e e m e n t  f r o m  C D F G .    I f  a n y  s t r e a m  modifications  or  riparian vegetation  removal  was  proposed  for  this  site,  it  would  require  a  S e c t i o n  1 6 0 2  L a k e  a n d Streambed Alteration Agreement from CDFG. If no modifications s hould occur, one may not be necessary.

2.3.2.9 Sensitive Vegetation Communities
Sensitive vegetation communities are natural communities and ha bitats that are either unique, of  relatively  limited  distribution  in  the  region,  of  particularly  high  wildlife  value,  or  receive regulatory protection (i.e., §404 of the Clean Water Act and/or the CDFG §§1600,  et seq. of the California Fish and Game Code).

However, these communities may or may not necessarily contain special‐status species.  Natural communities  considered  sensitive  are  those  identified  in  local  or  regional  plans,  policies, r e g u l a t i o n s ,  o r  b y  t h e  C D F W .   C D F W  k e e p s  r e c o r d s  o f  s e n s i t i v e  community  occurrences  in  its Natural  Diversity  Database.    Impacts  to  sensitive  natural  communities  identified  in  local  or regional plans, policies, regulations or by the CDFW or USFWS must be considered and evaluated

- 11 -

under  CEQA  (California  Code  of  Regulations:  Title  14,  Div.  6,  Chap.  3,  Appendix  G).    Specific habitats may also be identified as sensitive in City or County General Plans or ordinances.

2.4 Local Policies And Ordinances
The  City  of  Hercules  General  Plan Open  Space  and  Conservation  Element,  Policy  2a,  requires proponents to design constructio n footprints to avoid wetlands,  and to mitigate effects where avoidance is not possible.

2.5 Tree Removal Ordinance No. 33
Ordinance No. 33 regulates the removal of mature trees on private and public properties within Hercules. A mature tree includes any living tree with a trunk d iameter measuring 12 inches or greater when measure at about 4.5 feet above the surface of the ground.

According to the ordinance, mature trees may be removed in conjunction with the development of a project if the City has issued all necessary land use appr ovals and if the City has approved a tree replacement plan. Additionally, mature trees may be remove d for development project in conjunction with permits from the California Department of Toxic Substances Control, USACE, and CDFW upon the following conditions: (1) the property owner has obtained and is in compliance with a grading permit and erosion  and sediment control plan, (2) the City has approved and the property owner is implementing a  tree replacement plan as part of the environmental mitigation program approved by the applicable state or federal agency, and (3)  the  proposed  pre‐development  activities  are  consistent  with  t h e  C i t y ’ s  General  Plan  as determined by the Community Business Development Director.

Exceptions  to  the  provisions  of  the  tree  ordinance  include  remo v a l  o f  t r e e s  t h a t  p o s e  a n immediate  and  substantial  threat  to  the  safety  of  persons  or  property.  Exceptions  must  be approved by the Public Works Director prior to removal of the tree.

2.6 Critical Habitat
Critical habitat is a term defined and used in the ESA as a spe cific geographic area that contains f e a t u r e s  e s s e n t i a l  f o r  t h e  c o n s e r v a t i o n  o f  a  t h r e a t e n e d  o r  e n d angered  species  and  that  may require special management and protection. The ESA requires fed eral agencies to consult with the USFWS to conserve listed species on their lands and to ensu re that any activities or projects they fund, authorize, or carry out will not jeopardize the continued existence of a threatened or endangered species.

In consultation for those species with critical habitat, federal agencies must also ensure that their activities or projects do not adversely modify critical habitat to the point that it will no longer aid in the species’ recovery. In many cases, this level of protection is similar to that already provided to species by the ESA jeopardy standard . However, areas that a re currently unoccupied by the species but which are needed for the species’ recovery are prot ected by the prohibition against adverse modification of critical habitat.

- 12 -

3.0 Potential Special Status Species and other Biologically Sensitive Resources

Upon  review  of  the  California  Natural  Diversity  Data  Base  inform a t i o n  f r o m  U S G S  7 . 5 ‐ m i n u t e quad sheets for Mare Island, Richmond, and Benicia and considering biological survey experience in Contra Costa County, a list of potential special status plant species was prepared (Table 1).

Most of the species have been documented on CNDDB map overlays  generally have specialized habitat requirements that are typically only rarely present.  However, each species was analyzed for  whether  they  may  be  present. Of  the  24  species  of  plants,  only  a  few  plant  species  could potentially be present. However, a focused search was conducted for these plants and none were observed.  The disturbed nature of most of the site support the  conclusion that special status plants are not present.

Of  the  animal  species  documented  in  the  general  project  vicinit y,  those  with  the  greatest potential for presence on or close to the site include California red‐legged frog (Rana  draytonii), Western  pond  turtle  ( Actinemys  marmorata ),  Alameda  whipsnake  ( Masticophis  lateralis euryxanthus)  (AWS),    San  Francisco  dusky‐footed  woodrat  ( Neotoma  fuscipes ),  Western burrowing  owl  (Athene  cunicularia  hypugaea),  yellow  warbler  ( Setophaga  petechia),  Cooper's
Hawk  (Accipiter  cooperii) ,   N o r t h e r n  h a r r i e r  (Circus  hudsonius),  and  white‐tailed  kite  (Elanus leucurus). The following section further discusses habitat requirements and evaluates in greater detail  the  potential  for  presence o f  t h e s e  s p e c i e s  o n  t h e  s u b j ect  property.  In  addition,  the biological  issues  of  migratory  birds,  protected  trees,  and  sens itive  plant  species  are  also discussed.

3.1 Potential Species of Concern for the Project

3.1.1 California Red-legged Frog

General Background. The Ca lifornia red‐legged frog ( Rana draytonii) (CRLF) is federally listed as t h r e a t e n e d  a n d  i s  a  S t a t e  o f  C a l i f o r n i a  s p e c i e s  o f  s p e c i a l  c o n ce r n .  I t  i s  k n o w n  f r o m  i s o l a t e d l o c a t i o n s  i n  t h e  S i e r r a  N e v a d a ,  N o r t h  C o a s t ,  a n d  N o r t h e r n  T r a n sverse  Ranges.    They  are distributed throughout much of the San Francisco Bay Area.

CRLF  is  found  in  a  variety  of  habitats  including  marshes,  strea ms,  lakes,  and  other  mostly permanent  aquatic  locales.  Habitat  usually  consists  of  deep  (over  2.5  ft)  still  or  slow‐moving water with riparian vegetation (willows) and/or tules (Schoenoplectus sp.) and cattails (Typha sp.) (Jennings and Hayes 1994). This frog is highly aquatic and is typically found in water or associated aquatic  vegetation.    However,  some  individuals  use  habitats  that  are  removed  from  aquatic habitats, seeking cover in rodent burrows in grasslands. Estiva tion habitat includes areas up to 300  feet  from  a  stream corridor  and  includes  natural  features, such  as  boulders,  rocks,  trees,

- 13 -

shrubs, and logs (Tatarian 2008). In a study of CRLF movement, Fellers and Kleeman (2007) found the greatest straight‐line distance noted was 0.9 mi (1.4 km) , which was likely to actually be 1.7 mi (2.8 km) (including movements not in a direct line from the initial starting point). During winter rains, adult CRLF are known to traverse up to 3 km (1.9 miles)  from aquatic sites (USFWS 2002).

They can disperse across grassla nds, woodlands, coniferous fore sts, and chaparral. During dry periods, adults may take refuge in rodent holes and under leaf  litter.  Breeding occurs between November  and  April.    Tadpoles  metamorphose  between  July  and  September,  but  may  also sometimes take over a year to transform where conditions are suitable.

The  decline  of  this  species  is  a  result  of  historical  large  scale  commercial  harvesting,  habitat destruction,  and  the  establishment  of  introduced  non‐native  spe cies  such  as  the  bullfrog (Lithobates catesbeianus), crayfish, and several species of fish.

Occurrence in the Project Vicinity.  The project area is not wi thin the area designated as critical habitat under the federal Endangered Species Act; it is about 2.5 miles northwest of the western limits  of  Critical  Habitat  Unit  CCS‐1  for  CRLF.  However,  accordi n g  t o  C N D B  r e c o r d s ,  a  k n o w n locality for California red‐legged frog lies on the subject property. The observation of 2 adults and 9 juvenile CRLF was documented at an unculverted portion of Ref ugio Creek within the subject property in August of 2000.  Suitable breeding habitat appears  to be present within pools in the Refugio  Creek  stream  channel  and  adjacent emergent  wetlands  habi t a t .   T h e  p r e s e n c e  o f  t h e introduced invasive Bullfrog has also been noted in this portion of Refugio Creek. No frogs of any kind were observed on periodic general reconnaissance.

3.1.2 Western Pond Turtle

General Background.  The Western pond turtle (Actinemys marmorata) is a California Species of Special Concern. It is distributed discontinuously from Puget S ound, Washington southward to Baja California, Mexico (Stebbins and McGinnis 2012). Pond turtles feed on a variety of food items including crustaceans, amphibians, fish, carrion, and plant material.

Pond turtles are often found basking along banks and on logs during the spring. When disturbed, they will drop into the water and hide under rocks, logs or oth er debris.  Western pond turtles use permanent or nearly permanent water bodies in a variety of habitat types. They can be found in ponds, marshes, rivers, streams, and irrigation ditches within grasslands, woodlands, and open forests. The quality of the habitat appears to vary with the av ailability of basking sites (Jennings and Hayes 1994). Logs, rocks, mats of floating vegetation, or open mud banks are used for basking and  are  necessary  for  thermoregul ation.  Pond  turtles  also  requi re  upland  habitat  for overwintering and egg‐laying sites. Oviposition sites require sandy soil in order to excavate a nest.

Egg‐laying sites typically average 92 ft from aquatic habitat ( Rathbun et al, 2002). Juvenile and adult western pond turtles will move considerably depending on  the condition of their aquatic environment. They are known to move within an average of 164 ft  from the creeks they inhabit (Rathbun et al. 1992).

- 14 -

Western  pond  turtle  populations  have  been  declining  throughout  their  range,  especially  in southern  California  and  San  Joaquin  Valley,  generally  related  t o  urbanization,  agricultural development,  flood  control  projects,  exotic  diseases,  exploitation  for  the  food  and  pet  trade, extended  drought,  and  the  introdu c t i o n  o f  e x o t i c  p r e d a t o r y  s p e cies  of  carnivorous  fishes  and bullfrogs.

Occurrence in the Project Vicinity.  According to CNDDB records, Western pond turtles are known from the adjacent watershed of Rodeo Creek from a location abou t 1 mile east of the subject property. Considering the fact that this species is known to mo ve considerably, they would be expected to be present on the subject site, especially at pools  within Refugio Creek in deeper open ponded waters having associated sunny basking sites.

3.1.3 Alameda Whipsnake

General  Background.    The  Alameda  whipsnake  (Masticophis  lateralis  euryxanthus)  (AWS)  is  a federal‐ and state‐listed Threatened species. AWS is a fast moving, diurnal snake measuring three to five feet long. It is restricted to Alameda, Contra Costa, S anta Clara and San Joaquin counties within the San Francisco Bay region. The Alameda whipsnake occu rs primarily in coastal scrub and chaparral communities, but also forages in a variety of other communities in the inner Coast Range, including grasslands and open woodlands (Swaim 1994). Th is species requires open and partially  open,  low‐growing  shrub  communities  for  many  of  its  biological  needs.  This  type  of habitat  provides  cover  for  snakes  during  dispersal,  limits  their  observation  by  predators,  and provides  a  variety  of  microhabitats  where  whipsnakes  can  move  t o  regulate  their  body temperature  (Swaim  1994).  Whipsnake  habitat  usually  consists  of  a  mix  of  sunny  and  shaded sites in order to provide a range of temperatures for the snake’s activities.

Other  important  habitat  features  this  species  utilizes  include  small  mammal  burrows,  rock outcrops,  talus,  and  other  forms of  shelter  that  provide  snakes  with  a  variety  of  habitats  for temperature  regulation,  protection  from  predators,  egg‐laying  s ites,  and  sites  for  winter hibernation.

According to USFWS (2006), suitable habitat for this species in cludes communities that support mixed chaparral, coastal scrub, and annual grassland and oak wo odlands that are adjacent to scrub habitats. Grassland areas  that are linked to scrubland by  rock outcrops or river corridors are  also  considered  important  habitat  elements.  Alameda  whipsnak e s  p r e y  o n  a  v a r i e t y  o f vertebrate species, including frogs, lizards, nestling birds, and rodents (Zeiner et al. 1988), with a strong preference for lizard prey (Swaim 1994). Occupied areas usually support a prey base of at least two lizard species, especially the western fence lizard ( Sceloporus occidentalis) (Stebbins and McGinnis 2012, Swaim 1994). The main reason for the decline  in this species is the loss of large portions of prime habitat  to urban development.  Road con struction has fragmented AWS populations making them more susceptible to extinction from automobile mortality.

- 15 -

Occurrence in the Project Vicinity.  The project site is locate d about 2.6 miles northwest of the limits of the area designated as Unit 1 of Critical Habitat und er the federal Endangered Species Act (U SFWS  2 0 00 ).   An obs erv atio n of AWS is  known fro m about 3.3  mi E of the  proje ct s ite (Hercules 2013).  This specimen appears to be one from the Pinole Watershed, the location that is furthest west for this subspecies (U.S. Fish and Wildlife Service 2002). The subject site is of low habitat value as a result of the limited area of scrub habitat  present, because of the historic site disturbance  and  the  removal  of  coyote  brush  habitat,  and  the  isolation  of  the  site  due  to fragmentation of the habitats in the area by roadways and elimination of nearby suitable habitat.

3.1.4 San Francisco Dusky-footed Woodrat

General Background.  The San Francisco Woodrat  (Neotoma fuscipes annectans ) is a California S p e c i e s  o f  S p e c i a l  C o n c e r n .   T h is  subspecies  of dusky‐footed  woodrat  is  fairly  common  and widespread throughout the Coast Range and the northern interior  of California.  It is one of 11 subspecies, and is restricted  to the San Francisco Bay area. S an Francisco woodrats are highly arboreal, often associated with evergreen or live oaks and other trees and shrubs as well as with riparian,  chaparral,  and  coastal  scrub  plant  communities.  They  generally  prefer  a  moderate canopy for protection from predators.  They build stick houses from branches of trees and shrubs at the base of, or in a tree or shrub. Houses may measure up to  8 feet in diameter and height.

This species is nocturnal, feeding on nuts and fruits, fungi, f oliage and some forbs (Linsdale and Tevis 1951).

Occurrence in the Project Vicinity.  Woodrats are potentially p resent in wooded portions of the site,  especially  in  riparian  w oodland.  During  reconnaissance  su rveys  of  the  riparian  areas conducted  on  May  3  and  27,  2014,  no  indication  for  their  presen c e  w a s  n o t e d .  H o w e v e r , observations of their stick nest s was documented at a location  about 2.5 miles east in Franklin Canyon (Restoration Design Group 2006). Therefore there is a moderate potential for them to be present.

3.1.5 Western Burrowing Owl
General Background.  The Western burrowing owl ( Athene cunicularia) is a California Species of Special Concern and a Fish and Wildlife Service (2002) “Bird of  Conservation Concern.”  It is a year‐long resident typically found in grasslands.  It feeds mai nly upon insects, small mammals and  reptiles,  nesting  within  old  burrows  of  ground  squirrels.    Breeding  occurs  from  March through August.

O c c u r r e n c e  i n  t h e  P r o j e c t  V i c i n i t y .    T h i s  s p e c i e s  i s  n o t  k n o w n t o  b r e e d  i n  t h e  p r o j e c t  v i c i n i t y (Glover 2009).  The lack of ground squirrels on the site that could provide burrows for this species likely restricts its presence. As a result, no significant impacts would result to this species.

- 16 -

3.1.6 White-tailed Kite
General Background.  The white‐tailed kite ( Elanus leucurus) is a fully protected species under the California Fish and Game Code and is considered a State Spe cies of Special Concern.  White‐ tailed kites have generally decreased throughout much of Califo rnia since the late 1970’s. Local populations appear to still be relatively healthy along the nor th and east San Francisco Bay and in  the  Sacramento‐San  Joaquin  Delta  (Zeiner,  Laudenslayer,  Mayer,  and  White,  1990).  White‐ tailed kites inhabit open lowland grassland, riparian woodland,  marshes, and scrub areas. They forage  in  undisturbed,  open  grasslands,  meadows,  farmlands  and emergent  wetlands.    Prey species consist mostly of voles and other small, diurnal mammals.

Occurrence in the Project Vicinity.   This species is known to  breed in the project vicinity (Glover 2009).  Appropriate foraging and nesting habitat is present and  therefore there is a moderate potential for them to breed on the site. A single adult was observed on December 16, 2019 on a hillside on the ground just outside of the project limits on the southeastern portion of the project site.

3.1.7 Yellow Warbler

General  Background.    Yellow  warblers  (Dendroica  petechia)  nests  in  dense  riparian  habitats dominated by willows, alders, or cottonwoods. Areas along Refugio Creek dominated by willows provide suitable nesting habitat for this species.

O c c u r r e n c e  i n  t h e  P r o j e c t  V i c i n i t y .    A l t h o u g h  t h e r e  a r e  n o  C N DD B  r e c o r d s  o r  o t h e r documentation indicating the pre sence of this species in the pr oject site vicinity (Glover 2009), given the presence of suitable nesting and foraging habitat, this species has a moderate potential to nest on the site.

3.1.8 Cooper's Hawk

General  Background.    Cooper's  hawk  (Accipiter  cooperii)  is  a  species  typically  associated  with woodlands,  especially  along  their  edges.    Suitable  trees  are  pr esent  in  the  willow  riparian woodland associated with Refugio Creek on the project site.

Occurrence in the Project Vicinity.   According to CNDDB records, they have been documented to n e s t  e a s t  o f  H e r c u l e s ,  s o u t h  o f  F r a n k l i n  C a n y o n  R o a d .  A p p r o p r i ate  habitat  is  present  and therefore there is a moderate potential for them to breed on the site.

3.1.9 Northern Harrier
General  Background.    Northern  harrier  (Circus  hudsonius)  inhabits  extensive  open  grasslands, agricultural areas, and marshes. Nests are constructed on the g round, generally in areas where tall grasses provide cover. Individuals are commonly seen forag ing close to the ground in open

- 17 -

grasslands,  marshes,  and  agricultural  fields.  It  is  considered a  possible  nester  in  the  project vicinity Glover 2009) and they may forage there.

Occurrence in the Project Vicinity.   This species generally nests in extensive marsh and grassland habitats (Glover 2009). Appropriate habitat is limited on the s ite and therefore it would have a low potential to nest there.

3.1.10 Birds under the Migratory Bird Treaty Act and California Fish and Game Code General Background.  The Migratory Bird Treaty Act (MBTA) protects all common wild birds found in the United States except certain introduced species and certain game birds. Disturbances that causes nest abandonment and/or l oss of reproductive effort or t he loss of habitats upon which these birds depend would be in violation of the MBTA.

California Department of Fish and Wildlife (CDFW) Code 3503 also makes it illegal to destroy any birds’ nest or any birds’ eggs that are protected under the MBT A. CDFW Code 3503.5 further protects all birds of prey, such as hawks and owls), and their  eggs and nests from any form of take.

Occurrence  in  the  Project  Vicinity.    The  behavior  of  numerous  red‐wing  blackbirds  (Agelais phoeniceus) observed on May 27,  2004 indicated colonial nesting by this s pecies in emergent marsh vegetation within portions of the Refugio Creek channel and adjacent marshland habitat.

Additional species of perching birds and raptors would also be expected to forage and to nest on this site. These birds are covered for protection from potential impacts through several state and federal  regulations.    Preconstruction  surveys  would  be  necessar y  if  construction  activity  is proposed during the nesting season.  Associated mitigations would be required.

3.1.11 Special Status Plants

General  Background.    The  California  Native  Plant  Society  (CNPS)  publishes  and  maintains  an Inventory of Rare and Endangered Vascular Plants of California.  Impacts to plants on lists 1 and 2 are typically assumed to meet CEQA’s threshold of significanc e.  CNDDB printouts include a number  of  plant  species  potentially  in  the  project  area  and  considered  sensitive,  requiring evaluation of the impacts of development of the site on them.

Occurrence in the Project Vicinity.

During reconnaissance surveys of the site, the potential for the presence of special status species of plants was evaluated.  Potential grassland plant species that would have been flowering during the  field  visits  include Amsinckia  lunaris,  Astragalus  tener var.  tener,  California  macrophylla, California  macrophylla,  Calochortus  pulchellus,  Calystegia  purpurata.  Centromadia  parryi ssp. congdonii,  Helianthella  castanea,  Holocarpha  macradenia,  and  Trifolium  depauperatum  var. hydrophilum.    None  were  observed  during  intensive  coverage.  Although  the  time  period  for flowering had passed for several additional species, identification could still have been made on the  basis  of  presence  of  seeds  or  dried  plant  parts.  No  evidence  for  the  presence  of  these

- 18 -

additional species was observed.  In addition, the ground distu rbances evident in the irregular topography of the site, the observation of stockpiles of a mixt ure of soils that were most likely brought  in  from  other  sites,  the  obvious  grading  of  much  of  the  site,  and  the  dominance  of invasive  weedy  species  over  much  of  the  site  supports  the  conclusion  that  the  site  does  not provide habitat for any special status plant species.

4.0 Sensitive Habitats

Sensitive habitats present on the subject property include emergent marsh and willow riparian.

Emergent marsh areas were dominated by cattails with some areas  being invaded by perennial pepperweed (Lepidium latifolium), an introduced invasive weed. Much of the marsh area was wet and appeared to be part of a flood plain for Refugio Creek.

Riparian woodland contained clumps of willow trees with occasional understory of mule fat and stinging nettle.  These trees were closely associated with the stream.

These wetland habitats are considered sensitive communities by  the CDFW. Additionally, these communities are considered “areas that could provide habitat fo r sensitive species” by the  City of Hercules General Plan Open Space and Conservation Element. These portions of the site have been determined to be jurisdictional wetlands or waters of the US under Section 404 of the Clean Water Act (CWA) (Jones 2019).

5.0 Conclusions and Recommendations

If all of the available site is  developed (6.25 acres minus 2 a cres under easements) there would be  significant  impacts  to  sensitive  biological  resources  as  a  re s u l t  o f  l o s s  o f  s e n s i t i v e  h a b i t a t , potential mortality to protected  animals during construction, a nd from disturbance of animals from  construction  activities.  Additional  impacts  would  result  i f  the  proposed  development involved the filling of waters of the United States as defined by the U.S. Army Corps of Engineers (USACE) under Section 404 of the Clean Water Act. Filling of pr otected areas could potentially require, a Section 404 permit from the USACE.

A  wetland  delineation  evaluated  t he  presence  of  protected  emerg ent  wetlands,  riparian woodlands, and stream channels that may be under jurisdiction of state and federal agencies.   In order to issue this permit, the USACE must consult with the U.S. Fish and Wildlife Service (USFWS) pursuant to Section 7 of the Endangered Species Act (ESA).  A C alifornia Environmental Quality Act  (CEQA)  checklist  must  also  be  prepared,  which  would  include  an  evaluation  of  potential i m p a c t s  o f  t h e  p r o j e c t  a n d  p r o p o s e d  m i t i g a t i o n s  t o  o f f s e t  a n y  significant  impacts.  The appropriate CEQA document would then be required to be prepared.  State and federal agencies will require a Notice of Determina tion from the lead agency tha t the requirements of CEQA are

- 19 -

fulfilled  prior  to  issuance  of  permits.  In  addition,  a  State  of  California  Streambed  Alteration Agreement may also be required.

Because  potential  special  status  species  including  California  red‐legged  frog,  Western  pond turtle,  San  Francisco  dusky‐footed  woodrat,  and  nesting  birds, federal  and  state  endangered species regulations would be necessary to follow.  A detailed Biological Assessment Report (more detailed  than  the  present  report)  would  be  required  to  supply  the  USFWS  and  CDFW  with information on the proposed proj ect site and the means that are  proposed to avoid or mitigate any significant impacts to special status species.   This repor t would also provide the necessary background information for the preparation of a CEQA Environmental Checklist, the appropriate CEQA  document,  and  possibly  a  Streambed  Alteration  Agreement.  The  present  report  would provide  most  of  the  basis  of  a  future  Biological  Assessment  Repo r t .  F u r t h e r  d e t a i l s  w o u l d  b e included to develop a more complete analysis of the potential sensitive resources, the significant impacts, and mitigations that would offset impacts.

To avoid impacts to wetlands and associated biological resources, the project includes avoidance for the wetlands portion of the site.  As a result, wetland permits would likely not be necessary.

The  following  analysis  will  assume  the  avoidance  of  wetlands  on  t h e  s i t e .  A n y  p r o p o s e d development plan would focus on building on remaining acreage

6.0 Summary of Sensitive Species Issues

The following species were evaluated for potential impacts that  could result from construction of the project:

California  Red‐legged  Frog.    Refugi o  C r e e k  i s  k n o w n  t o  p r o v i d e  habitat  for  the  California  red‐ legged frog.  According to CNDDB records, 2 adults and 9 juvenile frogs were observed on August 17, 2000.  They have also been observed in the adjacent watersh ed of Rodeo Creek. Habitat on the  project  site  including  tree  cover,  emergent  wetland  habitats,  and  sufficient  water  for  the development of frog larvae generally fulfill the habitat requirements of the California red‐legged frog.  Aspects that reduce the value of the existing habitat include the fact that the project site is isolated from other suitable CRLF habitat as a result of road d evelopment and the reduction of adjacent stream habitat resulting from culverting of the stream channel.

Avoiding  construction  activities  within  the  wetland  portion  of the  site  would  eliminate  most negative impacts to CRLF.  The undeveloped property between the proposed complex would act as a buffer between the wetlands and the proposed construction.  Protection of the undeveloped areas should occur through a conservation easement. L A managem ent plan for the protected wetlands habitats for the enhancement of CRLF habitat, and a me ans to provide funding for the continued  management  of  the  wetland  area  (endowment  funds)  would  also  be  necessary  to develop.

- 20 -

Potential significant impacts would include potential mortality and disturbance of CRLF that could result  during  construction.  This  would  likely  require  mitigatio n  that  could  include  wildlife exclusion fencing during construc tion, preconstruction surveys,  biological resources awareness training to all workers on the site, and monitoring initial ground disturbing activities.

This analysis assumes the presence of CRLF on the basis of docu mentation in the CNDDB.  If an attempt to find support for the assumption that they are no longer present, it would be required to consult with the USFWS to determine if it is an acceptable o ption to survey for supporting evidence. In this case, a total of up to 8 site visits would be  required according to the USFWS survey protocols. If surveys are conducted following the federal protocol and no observations of C R L F  a r e  m a d e ,  t h e  c h a n n e l  m a y  b e  a s s u m e d  t o  n o t  c o n t a i n  a  p o p ulation  of  this  species.

However, because CRLF have been documented in the year 2000 to  be close to the project site, and culverts may link the site to other habitat upstream or the property, the USFWS would likely assume their continued presence (or potential future return) wi thin the remnant habitat on the project site, and if so would not allow the option for protocol field surveys.)

Western  Pond  Turtle  (Actinemys  marmorata).    Western  pond  turtles  are  likely  to  be  present within the Refugio Creek where open water and basking sites are present.  According to CNDDB records, they are known from nearby Rodeo Creek.  Avoidance of  disturbance to the wetlands and open waters would generally avoid impacts to this species, although they also require upland areas for egg‐laying sites. A buffer area of upland habitat aro und the wetland areas would likely offset any impacts to WPT.

Alameda Whipsnake (Masticophis lateralis euryxanthus). The western limits of Critical Habitat for the Alameda whipsnake lie about 2.6 miles to the east of the Project site, and a known locality is known from 3 miles to the southeast (USFWS 2002), which appears to be the western edge of its known distribution.  Additionally, the habitat on and adjacent  to the project site lacks habitat elements required by this species such as rock outcrops and wel l‐developed coastal scrub and chaparral  habitats  and  is  therefore  probably  insufficient  for  supporting  AWS.  This  species  is unlikely to be present, and therefore there would be no impacts to this species as a result of the site development.

S.F.  Dusky footed Woodrat ( Neotoma fuscipes).  The removal of trees could result in injury or mortality of dusky‐footed woodrats, a species not observed but  potentially present.  Assuming no tree removal or disturbance in the riparian habitats on the  site, no impacts to this species would likely result.

Burrowing Owl (Athene cunicularia).  No nesting Western Burrowi ng owls are known from the project  vicinity  (Glover  2009). The  project  site  does  not  support  ground  squirrels  which  are typically  important  for  providin g  burrows  for  the  owls.  Therefo r e ,  n o  i m p a c t s  t o  W e s t e r n Burrowing Owls would result.

- 21 -

White‐tailed Kite (Elanus leucurus ).  According to breeding bird records (Glover 2009), they are known to nest in close proximity to the project site.  This species potentially utilizes the property for  foraging  and  may  nest  there.    Site  disturbance  of  the  riparian  area  would  be  a  significant impact.  Assuming no tree removal or stream disturbance, no impacts to this species would result.

Cooper's Hawk  (Accipiter cooperii). This species has been documented to nest east of Hercules, south of Franklin Canyon Road.  Appropriate habitat is present and therefore there is a moderate potential for them to breed on the site. Assuming no tree removal or stream disturbance, minimal impacts to this species would result.

Yellow  Warbler  ( Dendroica  petechia)   Although  there  are  no  CNDDB  records  or  other documentation indicating the pre sence of this species in the pr oject site vicinity (Glover 2009) given the presence of suitable nesting and foraging habitat, this species has a moderate potential to nest on the site. Assuming no tree removal or stream disturb ance, no impacts to this species would result.

Northern Harrier  (Circus cyaneus).   This species generally nests in extensive marsh and grassland habitats (Glover 2009). Appropriate habitat is limited on the s ite and it would therefore have a low potential to nest there. No impacts to this species would result.

Migratory Birds.  Several nesting birds were noted on and adjac ent to the project ROW during field surveys on May 3, 7, 27, and June 19, 2014. Disturbance o f nesting birds (including those described above under "Sensitive Species Issues") are protected under the Migratory Bird Treaty Act  and  state  of  California  regulations.  Mortality  or  nest  disturbance  would  be  in  violation  of these  regulations.  Development  of  the  project  site  could  result   in  the  potential  for  nest disturbance  throughout  the  site  as  a  result  of  human  activity  and  noise  during  construction.

Avoidance  of  nesting  bird  impacts  could  be  undertaken  by  limiti ng  vegetation  and  ground disturbance to time periods outside of the nesting season. If t he nesting season is unavoidable, potential mitigations could include preconstruction surveys, av oidance of construction within a radius that would disturb observed nesting, require biological resources awareness training to all workers  on  the  site,  and  monitoring  initial  ground  disturbing  a ctivities.  Specifics  on  these mitigations would require CDFW approvals.)

T r e e s .    T r e e s  o n  t h e  p r o j e c t  R O W  m a y  b e  p r o t e c t e d  under  City  of  Hercules  Tree  Protection Ordinances. Assuming no development activities within the wetlands portion of the site (the only portion of the site containing trees), this would be a moot iss ue. No trees would be removed; therefore, no significant biological impacts would result.

Wetlands. No wetlands under state or federal jurisdiction are planned to be filled or otherwise disturbed. As a result, no significant impacts to this habitat would result. No wetlands are to be filled or disturbed.

- 22 -

In summary, a number of activities are recommended in order to comply with state, federal, and local environmental regulations before any construction activities should occur.  These activities are;

1.  Prepare a Biological Assessment Report for preliminary review by appropriate agencies, based on the present report.  This report would include a plan for the incorporation of mitigations that would offset significant impacts on any federally threatened or endangered, species or protected habitats that may occur within the area to be affected by the proposed project.  According to the legal requirements within Section 7 of the ESA of 1973 (U.S. Go vernment Code [USC] Title 16, Section 1536 [16 USC 1536]), the report should include the following objectives:

 Provide  the  best  available  information  about  the  potential  sensitive  species  and  their habitats that may be affected by the proposed action.
 Determine  whether  the  sensitive  species  are  likely  to  be  advers ely  affected  by  the proposed action.
 Determine if Critical Habitat would be adversely modified by the proposed action.  Describe  the  conservation  measures  that  would  avoid  or  minimize p r o j e c t  e f f e c t s  o n these species and their habitats.
 Determine whether formal consultation with the USFWS is necessary.

If other sensitive species (e.g. under protection by the state  of California) beyond the federally listed ones are included in the analysis, the preparation of th e Biological Assessment would also act to support CEQA findings and other potentially required state permits that may be necessary.

The  above  objectives  have  been  developed  in  the  current  report  but  require  more  details, especially in the plans for avoidance and mitigation of impacts , for example, what areas would be  put  into  a  biological reserve,  what  management  actions  are  needed  to  maintain  biological values of the reserve area.

2.  Start "informal consultation" with the USFWS to initiate co ntact and to determine what this agency will require in terms of information and mitigation of project impacts

3.    Initiate  consultation  with  the  State  Department  of  Fish  and  Wildlife  (CDFW)  to  determine procedures  and  mitigation  requirements  for  species  of  special  concern  and  other  state  listed species  through  the  Section  1603  Lake  and  Streambed  Alteration Agreement  process,  under CEQA,  as  well  as  state  and  federally  protected  wetlands  and  possibly  the  State  Endangered Species Act.

4.  Prepare a CEQA Checklist and appropriate CEQA environmental document.

5.  Coordinate with Regional Water Quality Control Board for a Section 401 permit.

- 23 -

6. The following biological reports and studies, and other activities would likely be necessary, The wetlands area in the eastern portion of the site may be put into a conservation easement as a means to avoid biological impacts. Agencies may require the preparation of a management plan for the conservation easement area, along with a monitoring pla n to evaluate any management n e e d s  o f  t h e  a r e a .   C o s t s  o f  t h e  m o n i t o r i n g  p l a n ,  m a n a g e m e n t  p lan,  monitoring  effort,  and management activities are difficult to determine without furthe r information. An endowment fund may be required to supply the funds for future monitoring and maintenance over the years.

Table 1. Special Status Plants and Animals

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
PLANTS
Amsinckia lunaris bent flowered
fiddleneck
-/-/1B Coastal bluff scrub,
woodland, grasslands.
(March - June)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period. Unlikely
to be present.

Arctostaphylos pallida

pallid manzanita -/-/1B Chaparral, upland forest,
cismontane woodland
No chaparral habitat present
Unlikely to be present.

Astragalus tener var.
tener
alkali milkvetch SC/--/1B Playas, valley and foothill
grassland and vernal pools;
often on alkaline soils; elev.
1 - 60 m. ( Mar-June)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period.

Unlikely to be present.

Blepharizonia plumosa Big Tarplant -/-/1B Valley and foothill grassland (July - October)
Site is disturbed. Not observed
on site. Unlikely to be present.

California macrophylla round-leaved filaree -/-/2 Cismontane woodland, valley and foothill grassland
(March - May)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period.

Unlikely to be present.

Calochortus pulchellus

Mt. Diablo Fairy
Lantern
-/-/1B Chaparral, cismontane
woodland, riparian
woodland; elev. 30-840 m

(April - June)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period.

Unlikely to be present.

Calystegia purpurata
ssp. saxicola
coastal bluff morning-
glory
-/-/1B Coastal dunes, coastal scrub
(May - August)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period.

Unlikely to be present.

- 24 -

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
Centromadia parryi
ssp. congdonii
Congdon's tarplant --/--/1B Coastal prairie, meadows
and seeps, marshes and
swamps (coastal salt),
grassland (vernally mesic
and often alkaline); (May-
Nov)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period.

Unlikely to be present.

Chloropyron
maritimum ssp.
palustre
Point Reyes salty
bird's beak
-/-/1B Coastal dunes, marshes,
and swamps (June-
October)
Required habitat not present on
site. Unlikely to occur.

Chloropyron molle
ssp. molle
Soft salty bird's beak E/R/1B Coastal saltmarsh (July-
November)
Typically in saltmarsh- habitat
not on site. Unlikely to occur.

Cicuta maculata var.
bolanderi
Berlandier's water-
hemlock
-/-/2B Coastal marshes and
swamps, fresh or brackish
(July- September)
Site is disturbed. Not observed
during blooming period.

Unlikely to be present.

Dirca occidentalis Western leatherwood -/-/1B Forest, riparian scrub( Not observed. Unlikely to be present.

Fritillaria liliacea Fragrant fritillary -/-/1B Coastal prairie, coastal scrub, grasslands (serpentine).

Heavy soil, open hills and
fields near coast (February -
April)
Disturbed grasslands not
suitable. Unlikely to be present.

Helianthella castanea Diablo Helianthella -/-/1B Shaded to protected grassy slopes and woodland and
scrub margins and openings.
(April - June)
Not observed. Unlikely to be
present.

Hoita strobilina Loma Prieta Hoita -/-/1B Chaparral, cismontane woodland, riparian
woodland; usually
serpentinite. (May -
October)
Required soil conditions not
present. Unlikely to be present.

Holocarpha
macradenia

Santa Cruz tarplant T/E/1B Coastal prairie, coastal
scrub, valley and foothill
grasslands (June - October)
Not observed. Unlikely to be
present.

Isocoma arguta Carquinez Golden
bush
-/-/1B Valley and foothill grassland
(alkaline) (August -
December)
Undocumented in Contra Costa
County. Habitat not suitable.

Unlikely to be present.

- 25 -

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
Lasthenia conjugens Contra Costa
Goldfields
--/--/1B.1 Valley vernal pools and
other wetlands
habitat not suitable. Unlikely to
be present
Lathyrus jepsonii var.
jepsonii
Delta Tule Pea SC/--/1B.2 Marshes and swamps
(freshwater and brackish);
(May-September); elevation
range 0 - 4 m.

Habitat not present. Not likely
to be present.

Lilaeopsis masonii Mason's Liliaeopsis SC/R/1B Marshes, rivers and swamps (brackish or freshwater),
riparian scrub; (April -
November; elevation ran
ge 0
- 10 m.

Suitable habitat not present.

Unlikely to be present.

Polygonum marinense Marin Knotweed SLC/--/3 Marshes and swamps (coastal salt or brackish);
(April -October); elevation
range 0 - 10 m.

Suitable habitat not present.

Unlikely to occur.

Symphotrichum lentus Suisun Marsh aster SC/--/1B Marshes and swamps (brackish and freshwater);
(May - November); elevation
range 0 3 m
Suitable habitat not present.

Unlikely to occur.

Trifolium
depauperatum var.
hydrophilum
saline clover SC/--/1B Marshes and swamps, valley
and foothill grassland (mesic,
alkaline), vernal pools;
blooms (April-June);
elevation range 0 - 300 m.

Suitable habitat not present.

Unlikely to occur.

INVERTEBRATES
Danaus plexippus Monarch butterfly -/-/ Winter colonial roosts located in shelter of trees
Colony not known from site-
suitable trees not present.

Unlikely to overwinter
Helminthoglypta
nickliniana bridgesi

Bridge's coast range
shoulderband snail
-/SSC Found under logs in
grassland.

Limited rocks and logs. Low
potential to be present

- 26 -

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
Microcina leei Lee's microblind
harvestman
-/-/ Dry, rocky areas, often
sandstone
Rocky areas not present.

Unlikely to be present
Speyeria callippe
callippe
Callippe silverspot
butterfly
e/- Northern coastal scrub
ihabitat, host is Viola
pedunculata
Host plant not present. Unlikely
inhabitant

AMPHIBIANS AND

REPTILES

Actinemys marmorata
marmorata
Northwestern pond
turtle
SC/SSC/ Inhabits a variety of aquatic
habitats with nearly
permanent water. Requires
basking sites.

High potential to occur.

Known to occur in nearby
Rodeo Creek
Masticphis lateralis
euryxanthus
Alameda whipsnake T/T Mainly chaparral and scrub
habitats
Site is isolated and adjacent
habitat fragmented by roads
and development. Not within
geographic distribution Unlikel
y
to be present
Rana draytonii California red-legged
frog
T/SSC In or near permanent water.

Usually over 2.5 ft deep for
breeding
Documented along Refugio
Creek on the project site and in
nearby Rodeo Creek. Likel
y to
be present
Birds
Accipiter cooperii Cooper's hawk -/SSC Open woodland, riparian trees
Moderate potential to be
present
Agelaius tricolor Tricolor blackbird -/SSC Colonial nesting in lowland wetlands
No colony was observed.

Unlikely to be present
Aquila chrysaetos Golden eagle BCC
SSC
FP
Nests on cliff-walled canyons
and large trees in open areas.

Potential foraging but unlikely to
nest on the site because of
nearby human activities and
traffic.

- 27 -

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
Ardea herodias Great blue heron -/-/ Colonial nester in tall trees bear marshes
No colonies known at the site.

May forage in marsh but
unlikely to be found nesting.

Athene cunicularia
hypugaea
Western burrowing
owl
-/SSC/
BSCC
Inhabits open, grasslands
and scrublands with low-
growing vegetation.

Subterranean nester needs
burrowing mammals.

No potential burrows, Weedy
areas not suitable. Not known
in all of western Contra Costa
Count
y. Unlikely to be present.

Circus cyaneus Northern harrier

-/SSC
BSSC 3
Salt and freshwater marsh.
nests on ground in
grassland. Sensitive to
human activity
Habitat size limited. Potential
foraging, low potential for
nesting
Dendroica petechia
brewsteri
Yellow warbler SSC
Nests in riparian trees
No known observations in area;
but potential habitat on site.

Moderate potential to nest on
site.

Egretta thula

Snowy egret -/- Colonial nester, associated
with dense tules
No known rookery sites (Glover

2009). Unlikely to be nesting;
may forage
Elanus leucurus White-tailed kite /SSC/FP Nests in dense oak, willow, or other tree stands near
open grassland meadows,
farmlands, and emergent
wetlands.

Known to nest nearby. Project
area has suitable foraging and
nesting habitat. Moderate
potential to be present
Falco peregrinus
anatum
American peregrine
falcon
-/SSC
FP
Near wetlands, lakes, rivers,
nests on cliffs and tall
buildings
Usually require isolation from
human activities. Not likely to
nest on site.

Geothlypis trichas
sinuosa
Saltmarsh common
yellowthroat (=San
Francisco) common
yellowthroat
/SSC/--
BSCC 3
Mainly saltwater marshes
with thick continuous cover
to water surface and willows
for nesting.

Habitat value low. Unlikely to
nest on the site.

Laterallus jamaicensis
coturniculus
California black rail --/T/FP Saltwater, brackish, and
freshwater marshes. Requ.
dense pickleweed.

Project area does not have
suitable habitat. Unlikel
y to nest
on the site.

- 28 -

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
Melospiza melodia
maxillaris
Suisun song sparrow -/SSC Brackish water marshes This subspecies not present on site. Unlikely to be present
Melospiza melodia
pusillula
Alameda song
sparrow

-/FP/SSC
BSSC
Salt marshes of northern
Alameda County
Unsuitable habitat on site. This
subspecies not present on site.

Unlikely to be present
Melospiza melodia
samuelis
San Pablo song
sparrow
-/FP/SSC
BSSC
Salt marshes of northern
San Pablo Bay
This subspecies not present on
site. Unlikely to be present
Nycticorax nycticorax Black crowned night
heron
-/SSC Colonial nester, usually in
trees
No nesting activity observed.

Site may be used for foraging.

Unlikely nesting site
Pandion haliaetus Osprey -/SSC, FP, WL Large streams, lakes , ocean shore
Project area does not have
suitable habitat. Unlikely to nest
on the site.

Rallus longirostris
obsoletus
California clapper rail E/E/-FP Restricted to salt marshes and tidal sloughs; usually
associated with heavy
growth of pickleweed;
Project area does not have
suitable habitat. Unlikel
y to nest
on the site
Xanthocephalus
xanthocephalus

yellow headed
blackbird
-/SSC
BSSC
Nests in freshwater
marshland with dense
vegetation and deep water
Habitat is not suitable. Unlikely
to be present

MAMMALS
Antrozous pallidus Pallid Bat -/SSC Deserts, grasslands with rocky areas
Habitat is not suitable. Unlikely
to be present
Lasionycteris
noctivagans
silver haired bat -/-/ Forest habitats Habitat is not suitable. Unlikely to be present
Lasiurus cinereus

hoary bat -/- Habitat mosaics including
trees
Limited habitat. Unlikely to be
present
Microtus californicus
sanpabloensis
San Pablo Vole

-/-/ Saltmarshes of San Pablo
Creek
Suitable habitat not present.

Unlikely to be present
Neotoma fuscipes
annectans
Dusky-footed woodrat -/SSC Riparian woodlands, poison
oak scrub
Suitable habitat present. No
stick houses observed.

Moderate potential to be
present.

- 29 -

Scientific Name  Common Name  Fed/State/CNPS
Status  Preferred Habitat
(blooming period)
Likelihood of Occurrence
in the Project Area
Nyctinomops macrotis free-tailed bat -/-/ Low lying arid areas Habitat unsuitable. Unlikely to be present
Reithrodontomys
raviventris
Salt marsh harvest
mouse
E/E/-- Salt marshes with a dense
plant cover of pickleweed
and fat hen adjacent to an
upland site.

Project area does not have
suitable habitat. Unlikely to be
present on the site
Sorex ornatus sinuosus Suisun shrew -/SSC Tidal marshes of N San Pablo and Suisun Bays
Distribution outside of project
site. Habitat unsuitable.

Unlikely to be present
Sorex vagrans
halicoetes
salt marsh wandering
shrew
-/SSC Salt marshes Limited distribution. Unlikely to
be present
Taxidea taxus Badger --/SSC/-- Sandy uplands with supply of rodents
Project area does not have
suitable habitat. Unlikely to be
present.

STATUS KEY:

FE: Federally Endangered CNPS List 1B: Rare and endangered in California and elsewhere FT: Federally Threatened CNPS List 2: Rare in California, more common elsewhere BCC: Bird of Conservation Concern CNPS List 3: Species about which More Information is Needed BSSC: Bird Species of Special Concern (Shuford and Gardali 2008) Levels 1-3, lowest to highest priority CE: California Endangered CNPS List 4: Watch List
CT: California Threatened
CSC: California Species of Special Concern
FP State Fully Protected
WL State Watch List
Bold = likelihood of occurrence is moderate or high

7.0 References

California  Dept.  of  Fish  and  Wildlife.  2011.    Special  Animals  List.  Biogeographic  Data  Branch, California Natural Diversity Data Base.

City of Hercules, 2013. The Franklin Canyon/Fernandez Ranch Project Initial Study and Mitigated Negative Declaration.

Cowardin,  L.M.,  V.  Carter,  F.C.  Golet,  and  E.T.  LaRoe.  1979.  Classification  of  Wetlands  and Deepwater  Habitats  of  the  United  States.  U.S.  Department  of  the  Interior,  Fish  and  Wildlife Service, Washington, D.C. 131 pp.

Fellers, G.M. and P.M. Kleeman. 2007. California red‐legged frogs (Rana draytonii) movement and habitat use: implications for conservation. Journal of Herpetology 41: 276‐286.

- 30 -

U.S.  Fish  and  Wildlife  Service.  2002.  Draft  Recovery  Plan  for  Chaparral  and  Scrub  Community Species East of San Francisco Bay, California. Region 1, Portland, OR. xvi + 306 pp

Glover, S.  2009.  Breeding bird atlas of Contra Costa County.   Mount Diablo Audubon Society. 260 pp

Hickman, J.C. 1993. The Jepson Manual: Higher Plants of California. University of California Press, Berkeley, California. 1400 pp.

Jennings,  M.R.  and  M.P.  Hayes,  1994.  Amphibian  and  reptile  Speci e s  o f  S p e c i a l  C o n c e r n  i n California. Rancho Cordova, CA: California Department of Fish and Game, Inland Fisheries Division

Jones, Tony. 2020. Wetlands Delineation, Hercules Project

Linsdale,  J.  M.,  and  L.  P.  Tevis,  Jr.  1951.  The  dusky‐footed  woodrat.  Univ.  California  Press, Berkeley. 664pp.

Papineau, M.  2014. Environmental Site Analysis for Willow Avenue project

Rathbun, G.B., Siepel, N, and D. Holland. 1992. Nesting behavior and movements of western pond turtles Clemmys marmorata. Southwestern Naturalist 37: 319‐324.

Rathbun, G.B., N.J. Scott, and T.G. Murphy. 2002.  Terrestrial  habitat use by Pacific pond turtles in a Mediterranean climate.  Southwestern Naturalist 47 (2):225‐235.

Restoration Design Group 2006. Fernandez Ranch Project Biological Report Sawyer, J. and T. Keeler‐Wolf. 1995.  A Manual of California Vegetation.  California Native Plant Society, Sacramento. 471 pp.

Shuford, W.D>and Gardali,T., editors. 2008.  California Bird Species of Special Concern. Studies of Western Birds  1.    Western  Field  Ornithologists,  Camarillo,  California  a nd  California  Dept.  of  Fish  and  Game, Sacramento
Skinner,  M.W.  and  B.M.  Pavlik.  2004. Electronic  inventory  of  rare  and  endangered  vascular  plants  of California. Sixth ed. update. California Native Plant Society, Sacramento, California.

Stebbins, R. C.  and S.M. McGi nnis. 2012. Amphibians and Reptil es of California.  Berkeley.  University of California Press.

Swaim, K. E. 1994. Aspects of the ecology of the Alameda whipsnake (Masticophis lateralis euryxanthus).

Master's Thesis, California State University, Hayward, CA.  140 pp.

- 31 -

Tatarian,  P.J.  2008.    Movement  patterns  of  California  red‐legged  frogs  (Rana  draytonii)  in  an  inland California environment. Herpetological Conservation and Biology 3(2):155‐169.

U.S.  Fish  and  Wildlife  Service  (USFWS).  2000.    Final  Determination  of  Critical  Habitat  for  the  Alameda Whipsnake (Masticophis lateralis euryxanthus).  Federal Register Vol. 65(192) 50CFRPart 17.

U.S. Fish and Wildlife Service (USFWS). 2002.    Draft Recovery Plan for Chaparral and Scrub Community Species East of San Francisco Bay.  Region 1, U.S. Fish and Wildlife Service

U.S. Fish and Wildlife Service  (USFWS). 2006.  Endangered and T hreatened Wildlife and Plants; designation of Critical Habitat for the Alameda Whipsnake. Fede ral Register Vol. 71(190) 50CFR Part 17.

Zeiner,  D.C.,W.F.  Laudenslayer,  Jr.,  K.E.  Mayer,  and  M.  White,  eds.  1988‐1990.  California's Wildlife. Vol. I‐III. California Depart. of Fish and Game, Sacramento, California.

- 32 -

8.0 Qualifications of the Author
Michael Marangio is a biological consultant with over 35 years  of experience. He has extensive specialized  knowledge  in  the  area  of  endangered  species  surveys ,  management  plans,  and compliance monitoring, especially for special status amphibians  and reptiles.  He has a Masters degree in zoology from Rutgers University where he specialized in herpetological studies.  He also has  a  Masters  of  Landscape  Architecture  from  University  of  Cali fornia,  Berkeley,  with  a specialization  in  environmental  planning.  Michael  has  federal  10(a)(1)(A)  recovery permits  for research and surveys for the California tiger salamander ( Ambystoma californiense) and Santa Cruz  long‐toed  salamander  (Ambystoma  macrodactylum  croceum).  He  is  also  experienced  in conducting surveys for California red‐legged frog (Rana draytonii).